Příběh tohoto RPG se odehrává v době zhruba 50 let po velké válce ninjů, kdy stará generace vymřela a přišla nová.
Iwagakure, Kumogakure a Sunagakure zanikly a jejich ninjové odešli do Konohy a Kiri.
Svět začal žít opět pokojným životem, který udržovaly tyhle 2 vesnice.
Je jenom na tobě, zda se přidáš do Kirigakure či Konohagakure, nebo utečeš a bude z tebe nukenin s plánem ovládnout svět.
Vesnice žijí v míru díky vyrovnanosti sil, ale neustále panuje napětí.